Для поиска в поддеревьях необходимо задать при индексировании нужные каталоги и названия разделов, к которым они будут относиться. При поиске по разделу можно указывать оператор 'subtree' (хотя удобнее организовать выбор в меню на поисковой странице).

Запрос вода#subtree=hot задает поиск документов в разделе hot, содержащих слово вода.