1. Открытый код, который представляет собой интерес с точки зрения обучения.
2. Простота в использовании: не секрет, что интерфейсы Gnome и KDE более удобны чем интерфейс Проводника Windows
3. Linux бесплатен. До определенного времени Windows 9x тоже была бесплатной ( по крайней мере у нас), о чем, как правило, стараются не упоминать. Сейчас в высших учебных заведениях, насколько я знаю, планируют купить (или уже купили) лицензии на Microsoft Windows XP и Office 2002. Тут справедлив рекламный лозунг: зачем платить больше? Не проще ли установить один из дистрибутивов Linux и офисный пакет StarOffice?
4. Практически все программное обеспечение, которое может понадобится во время образовательного процесса, входит в состав дистрибутива. Все остальное можно бесплатно загрузить из Internet.

Какое же программное обеспечение используется в этом самом образовательном процессе:

1. ОС DOS и оболочка Norton Commander
2. Windows 9x
3. Один из вариантов Basic'a.
4. Pascal. Как правило, Turbo Pascal или Borland Pascal
5. C/C++. Обычно используется Turbo C или Borland C++
6. Borland Delphi и CBuilder как средства визуального проектирования приложений.
7. Программное обеспечение для Web-дизайна и Web-программирования (редакторы HTML-кода, композеры, броузер - для изучения HTML и версии PHP и MySQL для Windows)
8. Одна из версий TeX

C Windows 9x, единственным достоинством которой является ее простота и графический интерфейс, все ясно: ее заменим на Linux с интерфейсом KDE (ближе к стандартному интерфейсу Windows) или Gnome.
ОС DOS и Norton Commander, ставшие классикой, можно заменить на консоль Linux и Midnight Commander. Принципиальной разницы в этой замене я не вижу: та же командная строка и почти такая же оболочка. Есть даже много достоинств, например, многозадачность. Единственная проблема, которая может здесь возникнуть, это невозможность установки Linux на старые машины, на которых установлена DOS. Обычно это слабенькие машины с процессором 286, а для работы Linux необходим хотя бы 386-ой процессор. Такой подход пройдет только в учебных заведениях, но не на предприятии. DOS и Norton Commander мы заменим, а вот где достать многочисленные DOS-программы, которые используются на предприятии? Конечно, можно использовать эмулятор DOSEmu, но в этом эмуляторе запустятся далеко не все DOS-программы. К тому же, на старом 386 Linux (даже самая старая версия) вместе с DOSEmu будут работать значительно медленнее, чем чистый DOS.
С Бейсиком, я думаю, тоже все ясно. Судя по всему, от него придется отказаться или заменить на какой-нибудь другой язык программирования. Естественно, от Windows полностью никто не спасется, поэтому это и есть выход для Basic'a - его нужно будет запускать на машинах под управлением операционной системы Microsoft. Честно говоря, мне не встречался нормальный аналог QBasic или TurboBasic для Linux.
А вот с Паскалем все намного проще: достаточно установить бесплатный FreePascal, который по синтаксису очень похож на TurboPascal. Кроме того, используя FreePascal можно разработать программы, использующие InterBase Server, MySQL, PostgreSQL, CGI, Gtk и многое другое. FreePascal можно загрузить по адресу: http://www.freepascal.org/
C и C++, на мой взгляд, правильнее изучать вообще только на Linux: ведь операционная система Linux сама написана на С и доступен ее код! Среда разработки Borland C, хотя и упрощает процесс разработки своим интерфейсом, но она скрывает от 'программиста' важные принципы разработки С-программ. Попробуйте спросить студента 2-3-го курса, который только что выучил TurboC или Borland C, что такое Makefile или пользовался ли он хоть раз в чистом виде утилитой make?
Borland Delphi без особых угрызений совести можно заменить на Borland Kylix, являющуюся полным аналогом Delphi.
Web-дизайн и Web-программирование изучать на платформе Windows можно, но зачем? Чтобы потом переучивать? Львиная доля серверов Internet, предоставляющих хостинг, работают под управлением FreeBSD или Linux. Вполне приличные редакторы HTML-кода и композеры входят в состав дистрибутива: Quanta и Netscape Composer. В качестве броузера можно использовать Netscape Communicator. Согласен, Internet Explorer имеет несколько положительных моментов, особенно при работе со слоями, но если ваша HTML-страничка нормально отображается в Netscape, скорее всего, она будет также отображаться в Internet Explorer'e, но не наоборот. PHP и MySQL вам даже не нужно будет выкачивать, как в случае с Windows: PHP, Perl, MySQL входят в состав вашего дистрибутива.
TeX вам тоже не нужно будет где-нибудь доставать - он также является стандартным пакетом.
Ради справедливости, нужно отметить, что иногда применение DOS и Windows вполне оправдано. В некоторых учебных заведениях машина с процессором 286/386 - это вполне обычное явление, поэтому тут даже Linux не установишь. Остается использовать DOS и Windows 3.1. Даже если у вас 486/586 современные дистрибутивы будут работать очень медленно. Если же установить Linux без системы X Window, то Linux потеряет свою простоту, что в нашем случае немаловажно. Об установке Linux на такие машины вы можете прочитать в статье Александра Куприна Установка Linux на слабые машины.
Кроме стандартных приложений, которые входят в состав дистрибутива в Internet можно найти очень много обучающих программ и приложений для организации 'школьного' сервера. Поиск этого программного обеспечения я советую начать с сайта SchoolForge. На нем вы найдете различные виды программ обучающих программ для ученических классов, специальных программ для преподавателей, различные почтовые клиенты и броузеры. Нас же главным образом интересует ссылка SEUL/edu Educational Application Index на этом сайте. Перейдя по ней, вы найдете множество бесплатных (правда, не всегда - некоторые программы являются коммерческими) программ по таким направлениям:

1. Астрономия
2. География
3. Обучающие игры
4. Графика
5. Интернет
6. Математика
7. Мультимедиа
8. Музыка
9. Презентации
10. Программирование
11. Религия

Единственный недостаток - англоязычный интерфейс. Если английский язык не так критичен в математике, где практически все обозначается символами, то в географии или религии русский язык просто необходим. В этой статье я попытаюсь сделать небольшой обзор математического программного обеспечения и программ для астрономии (см. таблицы 1 и 2 соответственно).

Таблица 1. Математика

Программа	Описание
Amaya	Броузер и редактор HTML, позволяющий включать в HTML математические символы. Редактор работает в режиме WYSIWYG. Поддерживаются HTML, XML, CSS, SVG (не полностью). Тип лицензии - GPL.
Cinderella	Программа позволяет решать задачи по геометрии на компьютере. Она позволяет делать точные геометрические рисунки. Программа, к сожалению, является коммерческой.
Dr Genius	Программа для решения геометрии. В состав входит также калькулятор, подобный bc и Matlab. Тип лицензии - GPL.
DrMath	Довольно мощный математический пакет. DrMath позволяет производить символические вычисления, вычисления с произвольной точностью, решать уравнения и строить графики функций. Программа является условно-бесплатной.
EasyMaths	Простая программа для выполнения математических расчетов. Программа состоит из двух частей: сервера вычислений и программы-клиента, оснащенной графическим интерфейсом пользователя. Программа распостраняется бесплатно.
First_math	Программа обучения детей устному счету. Для работы с программой нужно знать английский язык.
Geometry	Программа для решения геометрических и тригонометрических задач, в т.ч. и тригонометрических уравнений. Тип лицензии - GPL.
MathMagic	Простая программа для работы с математическими функциями.
StatistX	Статистика.
WIMS (WWW Interactive Mathematics Server)	Мощное CGI-приложение, позволяющее преподавателю управлять и контролировать работу виртуальных классов. Тип лицензии - GPL.

В таблице 1 я перечислил далеко не все программное обеспечение. Возможно, посетив сайт http://richtech.ca/seul/, вы найдете именно ту программу, которая вас интересует.

Таблица 2. Астрономия

Программа	Описание
3DPlanetarium	Программа показывает планеты солнечной системы и их спутники. Также программа позволяет 'увидеть' практически все яркие звезды (более 3000). Лицензия - OpenSource.
Celestia	Celestia выполняет трехмерное космическое моделирование и позволяет Вам путешествовать через солнечную систему, к звездам расположенным даже вне галактики. Возможно посещение более чем 100,000 звезд, 100 тел солнечной системы. Программа основана на библиотеке OpenGL. Тип лицензии - GPL.
KStars	Настольный планетарий для Linux/KDE2. Программа обеспечивает точное графическое представление ночного неба (из любого местоположения на Земле, в любую дату и время). Лицензия - GPL.
OrbitViewer	Интерактивный апплет, который отображает орбиту маленьких тел (кометы или астероиды) солнечной системы в трехмерном измерении.
StarPlot	Программа, основанная на GTK, позволяющая рассмотреть трехмерные перспективные диаграммы звезд. Звезды могут быть выбраны по спектральным классам и абсолютным величинам.

Всего в разделе 'Астрономия' вы найдете около двадцати астрономических программ.
На сайте SchoolForge также находится ссылка на сайт LinuxForKids, где вы можете найти обучающие программы, рассчитанные на детей до десяти лет.
Также хочу обратить ваше внимание на проект K12 LTSP (K12 Linux Terminal Server Project ). Проект K12 предназначен для установки терминального сервера, разработанного для школ. А на сайте K12Linux.org вы найдете дополнительную информацию об использовании Linux в школе.
От Windows тоже не стоит отказываться. В ближайшее время исключение Windows из образовательного процесса, мягко говоря, будет глупым решением, так как на подавляющем числе предприятий установлена именно Windows. В данное время оптимальным решением будет '50/50', то есть на 50% компьютеров установить Linux, а на 50% - Windows. В этом случае наша система образования получит двойной выигрыш. Возможно, лет через 5-10, это соотношение изменится 95/5: нужно же будет показать чем была Windows :)