Закон определяет, какие государственные органы ведают делами о гражданстве и их полномочия, закрепляет порядок производства и обжалования решений по этим делам. В системе органов, связанных с решением вопросов гражданства, основными полномочиями обладает Президент. Именно он как глава государства, олицетворяющий его, уполномочен официально оформлять гражданство Российской Федерации. Исходя из этого, Конституция устанавливает, что Президент решает вопросы гражданства Российской Федерации (ст. 89 п. «а»). Закон о гражданстве Российской Федерации конкретно раскрывает полномочия Президента в этой сфере. К ним относятся решения по вопросам: приема в гражданство Российской Федерации, восстановления в гражданстве Российской Федерации, разрешения на выход из гражданства; разрешение гражданину Российской Федерации иметь одновременно гражданство другого государства; отмена решения о приеме в гражданство; предоставление почетного гражданства.

По всем этим вопросам Президент издает указы. Все другие государственные органы, связанные с решением этих вопросов, осуществляют лишь подготовительную работу.

К органам, ведающим делами о гражданстве Российской Федерации, Закон относит Комиссию по вопросам гражданства при Президенте Российской Федерации.На основе Закона «О гражданстве Российской Федерации» распоряжением Президента Российской Федерации от 23 июня 1992 г. утверждено Положение об этой комиссии. Она образуется Президентом и является государственным органом Российской Федерации, ведающим делами российского гражданства. В задачи Комиссии входят подготовка предложений для Президента Российской Федерации по делам о гражданстве, обеспечение проведения единой государственной политики в области гражданства, контроль за исполнением решений по вопросам гражданства.

Комиссия рассматривает ходатайства о приобретении и прекращении гражданства Российской Федерации, о приобретении двойного гражданства, о предоставлении почетного гражданства.

К ее компетенции относится также рассмотрение и общих вопросов, связанных с разработкой, изменением и дополнением законодательства Российской Федерации о гражданстве. Президент назначает председателя Комиссии и по предложению последнего утверждает состав Комиссии. Члены Комиссии участвуют в ее работе на общественных началах. Поэтому в Администрации Президента в качестве ее структурного подразделения создано управление по вопросам гражданства, которое ведет подготовительную работу для обеспечения деятельности Комиссии.

Остальные государственные органы, принимающие участие в решении вопросов гражданства или решающие их, входят в систему исполнительной власти. К ним относятся Министерство внутренних дел и его органы, а также Министерство иностранных дел, дипломатические представительства и консульские учреждения. Компетенция этих органов по решению вопросов гражданства аналогична, с тем лишь различием, что первые принимают их в отношении лиц, проживающих на территории Российской Федерации, а вторые - за ее пределами. В их функции входят прием заявлений и ходатайств по вопросам гражданства Российской Федерации; проверка фактов и представленных документов; направление ходатайства вместе с документами в Комиссию по вопросам гражданства при Президенте Российской Федерации; определение принадлежности лиц к гражданству Российской Федерации; осуществление регистрации приобретения или прекращения гражданства Российской Федерации в предусмотренных Законом случаях.