Принято считать, что рака фатерова соска характерно наличие интермиттирующей желтухи в отличие от рака головки поджелудочной железы, при котором она носит постоянный и прогрессирующий характер. Такое колебание в интенсивности желтухи, по мнению исследователей, обусловлено свойством рака фатерова соска быстрее распадаться. Рак фатерова соска часто сопровождается вторичным холангитом и протекает под видом этого заболевания с ознобами и высокой температурой. Ввиду большой склонность рака фатерова соска к распаду при нем чаще, чем при раке головки поджелудочной железы, отмечают наличие крови в дуоденальном содержимом и скрытой крови в испражнениях. С этим положением едва ли можно согласиться или, во всяком случае, этот симптом не дает полной уверенности в правильности диагноза рака фатерова соска и исключения рака головки поджелудочной железы, при котором наличие скрытой крови в испражнениях не редкость. Рак фатерова соска в отличие от рака головки поджелудочной железы чаще протекает без болей и позже дает метастазирование в другие органы.

Для дифференцирования этих заболеваний большое значение имеет исследование панкреатических ферментом в дуоденальном содержимом. При раке головки поджелудочной железы вследствие обтурации панкреатического протока опухолью панкреатические ферменты в дуоденальном содержимом могут отсутствовать или концентрация их бывает значительно пониженной, тогда как при раке фатерова соска отделение панкреатических ферментов на нарушается или изменяется значительно меньше, чем при раке головки железы.