Несмотря на благоприятные экономические, идеологические и политические обстоятельства, Столыпин совершил все же ряд ошибок, поставивших его реформы под угрозу провала. Первой ошибкой Столыпина было отсутствие продуманной политики в отношении рабочих. Как показал опыт Пруссии, для удачного проведения консервативной политики необходимо было сочетать жесткие репрессии по отношению к революционным партиям с одновременными усилиями в области социального обеспечения рабочих. В России же, несмотря на общий экономический подъем, за все эти годы не только жизненный уровень рабочих нисколько не повысился, но и социальное законодательство делало свои первые шаги. Закон 1906 г. о десятичасовом рабочем дне почти не применялся, равно как и закон 1903 г. о страховании рабочих, получивших увечья на предприятии. Разрешенные профсоюзы находились под бдительным контролем полиции и не пользовались доверием среди рабочих. Между тем количество рабочих постоянно и заметно росло. Новое поколение оказалось весьма благосклонным к восприятию социалистических идей. Очевидно, Столыпин не отдавал себе отчета в значении рабочего вопроса, который с новой силой встал в 1912 г.

Второй ошибкой Столыпина стало то, что он не предвидел последствий интенсивной русификации нерусских народов. Столыпин не скрывал своих националистических убеждений; однажды на заседании Думы он резко ответил польскому депутату Дмовскому, что почитает за "высшее счастье быть подданным России". Он открыто проводил националистскую великорусскую политику и, естественно, восстановил против себя и царского режима все национальные меньшинства. Финляндия стала прибежищем для многих оппозиционеров. Столыпина возмущало, что сейм Финляндии состоял преимущественно из социалистов и либералов. В 1908 г. он безуспешно попытался ограничить полномочия сейма, дважды распускал его, а затем вновь ввел в стране прежние диктаторские методы. к 1914 г. неприязнь финнов к "русским оккупантам" стала повсеместной. Что касается Польши, там ситуация была сложнее, так как отношение поляков к России не было единодушным. Часть поляков под руководством Дмовского пыталась добиться для своей страны большей автономии. Другая часть, руководимая Пилсудским, требовала полной независимости. Столыпин закрыл польскоязычные школы, а в городах насадил муниципальные учреждения с преобладанием русских служащих. На Украине, где пресса и высшие учебные заведения подверглись насильственной русификации, росло национальное самосознание украинской элиты, основанное на понимании экономического могущества края, ставшего житницей и индустриальным центром всей империи. Царские власти жестоко преследовали украинских националистов, организовавших Союз освобождения Украины и нашедших прибежище в Галиции, входящей в состав Австро-Венгрии. Австрийские власти охотно покровительствовали украинским националистам, желая всячески помешать российским властям в отместку за поддержку в Богемии и на Балканах антиавстрийских настроений малых славянских народов. По тем же причинам тюркские меньшинства на территории Азербайджана, объединившиеся в партию "Муссават" ("Равенство"), решительно пошли на сближение с обновленной после младотюркской революции Турцией. Часть мусульманской интеллигенции татарского происхождения, проживающей на территории Крыма и на Нижней Волге, пыталась возродить тюркско-татарскую цивилизацию, добиваясь ее признания наравне с русской. Царское правительство, естественно, не желало идти на подобные уступки, считая мусульманские народы слаборазвитыми. Оно также поощряло внедрение русских колонизаторов и переселенцев в Среднюю Азию не менее жестко, чем это делали другие европейские государства-завоеватели по отношению к странам Азии и Африки.

Столыпин совершил ошибку и в вопросе об учреждении земств в западных губерниях (1911 г.), в результате чего он лишился поддержки октябристов. Дело в том, что западные губернии экономически продолжали зависеть от польской шляхты. Дабы укрепить в них положение белорусского и русского населения, составлявших большинство, Столыпин решил учредить там земскую форму правления. Дума охотно его поддержала, однако государственный совет занял обратную позицию -- классовые чувства солидарности со шляхтой оказались сильнее национальных. Столыпин обратился с просьбой к Николаю II прервать работу обеих палат на три дня, чтобы за это время правительство срочно приняло новый закон. Заседания Думы били приостановлены и закон принят. Однако данная процедура, продемонстрировавшая пренебрежение государственной власти к собственным учреждениям, привела к расколу между правительством и даже самыми умеренными либералами. Самодержавие поставило себя в изоляцию, отныне его поддерживали представители крайне правых националистических кругов. Столыпин же потерял поддержку Николая II, которому явно претило иметь столь предприимчивого министра, обвиненными крайне правыми противниками, пользующимися влиянием при дворе, в желании "экспроприировать всех помещиков вообще" с помощью аграрной реформы.

18 сентября 1911 г. Столыпин был убит в Киеве одним из двойных агентов, которыми полиция наводнила революционные организации. Его смерть означала поражение последней попытки сознательного и целенаправленного обновления политической системы в стране. Будучи консервативной, она все же была не лишена творческой мысли.