27 августа русская армия начала отступление по направлению к Москве. Надеявшийся на продолжение сражения, Наполеон шел за ней по пятам. 1 сентября в подмосковной деревне Фили состоялся военный совет, на котором решалась судьба древней столицы России. Совет не пришел к единому мнению, и Кутузов, приняв ответственность за решение на себя, отдал приказ об оставлении Москвы без боя. Уже на следующий день французы вошли в город. На что рассчитывал, о чем думал в эти дни Наполеон, покоритель многих европейских столиц? Мы знаем, что окончательное решение идти на Москву пришло к нему только в Смоленске, когда стало ясно, что русские не запросят пощады, а остаться в полусожженном, опустошенном городе на зиму невозможно. Любым путем французский император стремился завершить если не всю войну, то, по крайней мере, эту кампанию. Захватив Москву и поразив таким образом, как он считал, Россию в самое сердце, он был уверен, что добьется мира. В Москве армия получит теплые зимние квартиры и весной сможет вернуться на родину или продолжить поход против русских, а может быть, вместе с русскими отправиться в Индию. Но то, что увидел Наполеон в Москве, не было похоже ни на Рим, ни на Милан, ни на Вену, Мадрид, Берлин или Варшаву. Москва не встречала своего победителя приветственной депутацией «отцов города», на улицах не толпились горожане, женщины не посылали бравым воякам воздушных поцелуев из окон домов. Огромный город был почти пуст: из 200 тыс. его жителей в нем осталось не более 10. В тот же день в разных частях города запылали пожары.

Пожар Москвы стал своего рода символом войны 1812 г., символом самопожертвования русского народа, готового в борьбе с захватчиком идти до конца. В Москве Наполеон окончательно понял, что победа ускользнула из его рук. Все его попытки начать переговоры с русским правительством не увенчались успехом: Александр 1 торжественно поклялся, что не успокоится, пока хоть один вражеский солдат останется на русской земле.

Между тем русская армия, отступая по Рязанской дороге, скрытно от противника повернула к югу, по Старокалужской дороге дошла до Красной Пахры, а затем к Тарутино, в 75 км юго-западнее Москвы. К тому времени, когда французская разведка получила точные данные о расположении русских, Кутузов успел сконцентрировать силы и подготовиться к дальнейшим действиям. Здесь, в Тарутинском лагере, напасть на который французы не решились, удалось накопить резервы, восполнить недостаток вооружения. По некоторым оценкам, численность русской армии вместе с ополченцами была доведена до 240 тыс. человек.

Кто поджег Москву? Этот вопрос всегда волновал и современников и историков. Французы утверждали, что город был подожжен по приказу губернатора Москвы Ф. В. Ростопчина. Обвиняли в этом и русское военное командование. Русские, наоборот, в сознательном поджоге города обвиняли французов. Позднее, в советской историографии сложилась версия в том, что основной причиной пожара была неосторожность грабивших город французских мародеров. При этом признавалось, что русскими были подожжены военные и продовольственные склады, а в условиях сухой погоды и деревянного города пожар мог легко распространиться на весь город. Вывод же делался однозначный: в пожаре Москвы виноваты французские агрессоры. Анализ документов в целом подтверждает сложившуюся точку зрения. Действительно, у Ростопчина существовал план поджога Москвы и уничтожения города в случае его сдачи, причем поджечь город он собирался еще до входа в него неприятеля. Однако реализовать этот план ему удалось лишь отчасти, поскольку Кутузов до последнего момента не сообщал ему о своих планах. Именно поэтому первые поджоги были сделаны в ночь с 1 на 2 сентября. Существенно при этом то, что по приказу Ростопчина из города были вывезены средства пожаротушения, в результате чего французы при всем желании не могли остановить распространение огня. Когда же огонь захватил практически весь город, и сам Наполеон вынужден был покинуть Кремль и переехать в Петровский дворец, грабившие город, часто пьяные, но, главное, деморализованные французские солдаты и офицеры, уже понявшие, что в Москве они не найдут ни долгожданного мира, ни теплых зимних квартир, конечно же, также могли из чувства мести поджигать еще не охваченные пламенем здания. Известно, что французские власти, пытавшиеся бороться с поджигателями, ловили и расстреливали не только русских, но и французов.

В то же время французская армия, уставшая и деморализованная, становилась все менее боеспособной. Перед Наполеоном встала проблема: что делать дальше? Во французском штабе обсуждались планы укрепления в Москве, наступления на Украину, Калугу, отступления по Смоленской дороге. Относительно решения, принятого наконец французским императором, существует две версии. Одни историки полагают, что Наполеон намеревался идти на Калугу, а затем отступить к Смоленску. О таком решении императора свидетельствуют его военно-оперативные документы, да и реальное развитие событий. Эта точка зрения основывается на убеждении, что в Смоленске были сконцентрированы продовольственные запасы французской армии, а поход на Украину лишь еще более растянул бы французские коммуникации и сделал бы подвоз продовольствия невозможным. Однако другие историки считают, что отступление к опустошенному Смоленску было для Наполеона бессмысленным, никаких запасов там не было, и он намеревался прорываться на богатую продовольствием Украину.

Как бы то ни было 6 октября русские войска недалеко от Тарутина атаковали кавалерийский корпус французского маршала Мюрата, который вынужден был отступить, потеряв 3 тыс. человек. На следующий день французская армия покинула Москву и двинулась сначала по Калужской, а затем по Новокалужской дороге в направлении Малоярославца.