В годы революции Джефферсон исходит из того, что противоречия между бедными и богатыми, глубокие имущественные различия характерны для европейских стран, но не для США. И в революционный, и в послереволюционный период будущая Америка виделась Джефферсону как аграрная страна, населённая по преимуществу мелкими независимыми фермерами. Джефферсон был не одинок в своих взглядах: их разделяло большинство демократов, среди которых наиболее ревностным защитником аграрно-фермерского развития США выступал Б. Франклин. Основой концепции просветителей служил хи собственный сравнительный анализ социально-экономических особенностей развития США, и Западной Европы, прежде всего Великобритании и Франции, где мануфактур было гораздо больше, а в Англии вообще полным ходом совершался переход к промышленному капитализму. Аграрный путь развития, утверждал Джефферсон, исключает возможность массовой нищеты и науперизации, аграрные страны, в отличие от промышленных, застрахованы от возникновения и развития политической коррупции, которая превратилась в настоящее бедствие в торгово-промышленной Англии. Он также выделял моральные достоинства фермерства, его непритязательность, безыскусность и простоту нравов. Джефферсон высказывает в качестве аксиомы ту мысль, что пока в США не образуется аграрного перенаселения, страна сможет счастливо избежать альтернативы пагубного тогрового-промышленного развития. Перспективы аграрного пути развития рисовались ему  в радужном свете: “Сейчас мы располагаем достаточным количеством земли, чтобы обеспечить на неё работу для любого количества людей”. Идея аграрного развития США по “фермерскому пути” при соотнесении с американской реальностью обнаруживала очевидную уязвимость. Господствующее положение в сельском хозяйстве США занимали отнюдь не фермеры, а плантаторы-рабовладельцы. В рамках джефферсоновского аграрного пути неизбежно должен был возникнуть противоречивый, обречённый на распад, альянс плантаторов и фермерства, в котором руководствующаяся роль могла оказаться в руках плантаторов. Плантаторам была уготована руководящая роль и в созданной под руководством Джефферсона республиканской партии.

     Первые шаги республиканской партии начинаются с создания в 1791г. газеты “National Newspaper” (“Национальная газета”). Это было очень логично и очень свевременно: ведь федералисты во главе с Александром Гамильтоном уже приступили к изданию “Newspaper of the United States” (“Газета Соединённых Штатов”) – собственной газеты, отстаивавшей интересы его фракции ещё в 1789г.  В период складывания республиканской партии раскрылись организаторские и тактические способности Джефферсона. В 1791г. он и Дж. Мэдисон совершили “путешествие” в Нью-Йорк, в ходе которого были установлены прочные контакты с лидерами местных антифедералистов. Затем после упрочнения связей Джефферсона с противниками Гамильтона в Пенсильвании сложилась “ось” “Виргиния–Нью-Йорк–Пенсильвания”, ставшая стержнем республиканской партии.

Воззрения Джефферсона приобрели сугубопрагматический характер, подчинялись целям развенчания, дискредитации и нисповержения Гамильтона. Партия Джефферсона стремилась изобразить себя не только истинной, но и единственной хранительницей республиканских основ и объявляла политических соперников, чуть ли не монархистами, вступившими в сговор с английской короной для нисповерженя демократических прав и свобо США. Впрочем, Гамильтон и его сторонники платили им такой же монетой: объявляли республиканцев якобитскими шпонами, разносчиками “французской болезни” худшего образца – безверия и анархии. Как далека была эта политическая практика от “царства разума”, грезившегося Джефферсону.

     Политическая борьба вынудила Джефферсона в 1793г. подать в отставку – так велики оказались расхождения между ним, руководителем внешней политики США, и внешнеполитической линией, навязанной Вашингтону министру финансов. Удалившись в 1793г. в родовое поместье Мончителло, Джефферсон оставил республиканскую партию на попечение Мэдисона. Тот обнаружил себя умелым лидером и три года единоличного руководства партией превратил её в слаженный организм с широкой социальной базой. Впрочем, укреплению республиканской партии благоприятствовало само развитие событие. К 1794г. выяснилось, что федералисты зашли слишком далеко в ограничении буржуазно-демократических начинаний Американской революции. В 1793-1794 гг. они громогласно декларировали право президента на роспуск демократических клубов, возникших под воздействием и в поддержку республиканских новшеств во Франции. Это было открытое покушение на конституцию и билль о правах, закрепивших за американцами всего двумя годами ранее свободу слова, печати, собраний. Подавление в 1794г. выступлений фермеров и заключение вслед за этим торгового соглашения с Англией сплотило вокруг противников Гамильтона широкую демократическую коали-цию. Возглавить её мог и должен был только Джефферсон – таково было требование, содержащееся в бесчисленных письмах, получаемых им в Монтичелло. Вняв ему, Джефферсон оенью 1796г., не покидая Монтичелло, даёт согласие руководящему партии выдвинуть его кандидатуру на предстоящих президентских выборах. В декабре он получает сообщение об итогах выборов: кандидат федералистов Джон Адамс завоевал голоса 71 выборщика, Джефферсон – 68. По сложившейся тогда традиции Джефферстон занимает пост вице-президента: он согласился лействовать в “паре” с федералистом Адамсом, зная его как заклятого врага Гамильтона.

      Ожидания Джефферсона, связанные с антигамильтоновскими настроениями Джеймса Адамса, не оправдались. В период президентства Дж. Адамса федералисты выступили с открытым осуждением не только революционных нововведений, но и умеренных реформ. Реформы, провозглашали они, вызывают “конвульсии цивиллизованного мира и сотрясают основы общества”. Дж. Адамс и его окружение довели до крайности консервативные тенднции федералистского правления. Это и предрешило их поражение в схватке с джефферсоновскими республиканцами в 1800г., открывшем новую главу в американской истории.